译者序第二版前言**版前言第二版概述第二版新内容第1章 基因组学概论1．1 人类基因组1．2 人类基因组的内容1．3 编码蛋白质组的基因1．4 基因组结构种类1．4．1 染色体、细胞器和质粒1．4．2 基因1．4．3 基因组的动态组成1．5 基因组测序计划1．6 种群内和种群间的差异1．7 人类基因组测序1．8 人类基因组和医学1．8．1 疾病的预防1．8．2 检测和精确诊断1．8．3 有效治疗手段的发现和实施1．8．4 卫生保健服务1．9 数据库的进化和发展1．9．1 数据库的进化和发展（evo-deVo）1．9．2 基因组浏览器1．10 蛋白质进化：物种内和物种间序列及结构的分歧1．11 伦理、法律和社会问题1．12 推荐阅读1．13 练习、问题和网络问题第2章 基因组是生物学的集线器（Hub）2．1 个体、群体、生物圈：过去、现在和未来2．2 中心法则和周边规则2．3 表达模式2．3．1 基因表达的调控2．3．2 蛋白质组学2．3．3 基因组学和发育生物学2．3．4 基因和思维：神经基因组学2．4 群体2．4．1 单核苷酸多态性和单体型2．4．2 临床上重要的单体型：主要组织相容性复合物2．4．3 突变和疾病2．5 遗传性疾病的诱因及其治疗的病例2．5．1 血红蛋白病是由异常血红蛋白引发的分子疾病2．5．2 苯丙酮尿症2．5．3 阿尔茨海默病2．5．4 SNP和癌症2．6 物种2．7 生物圈2．7．1 物种灭绝2．7．2 袋狼的灭绝2．7．3 麋鹿的幸存2．8 推荐阅读2．9 练习、问题和网络问题第3章 图谱、测序、注释和数据库3．1 经典遗传学背景3．2 图谱和旅行指南3．2．1 遗传图谱3．2．2 连锁3．2．3 连锁不平衡3．2．4 染色体带型图3．2．5 直接基于DNA序列的高分辨率图谱3．2．6 限制性酶切图谱3．3 DNA结构的发现3．4 DNA测序3．4．1 FrederickSanger和DNA测序的发展3．4．2 Maxam-Gilbert化学裂解法3．4．3 DNA自动化测序3．5 组织大规模测序计划3．5．1 产生克隆：分层或“BACtoBAC”基因组测序3．5．2 全基因组鸟枪法测序3．5．3 高通量测序3．5．4 生命科学技术的快速发展（lifeinthefastlane）3．6 分子生物学数据库3．6．1 核酸序列数据库3．6．2 蛋白质序列数据库3．6．3 遗传性疾病数据库：OMIM和OMIA3．6．4 结构数据库3．6．5 蛋白质结构的分类3．6．6 专业或精品（boutique）数据库3．6．7 表达和蛋白质组学数据库3．6．8 代谢路径数据库3．6．9 文献数据库3．6．10 分子生物学数据库和服务器概观3．7 推荐阅读3．8 练习、问题、网络问题第4章 比较基因组学4．1 引言4．2 生命的一致性和多样性4．3 基因组的大小和结构4．4 病毒基因组4．4．1 重组病毒4．4．2 流感：过去和当前的威胁4．5 原核生物的基因组结构4．5．1 复制和转录4．5．2 基因转移4．6 真核生物基因组结构4．7 如何区别基因组4．7．1 单核苷酸水平的多样性4．7．2 复制4．7．3 染色体水平上的比较：共线性4．8 是什么让我们成为人类？4．8．1 比较基因组学4．8．2 结合的方法：OXP2基因4．9 黑猩猩和人类基因组4．10 小鼠和大鼠基因组4．11 研究人类疾病的模式生物4．11．1 秀丽隐杆线虫基因组4．11．2 黑腹果蝇基因组4．11．3 人类、线虫和果蝇的同源基因4．12 DNA元件百科全书计划4．13 推荐阅读4．14 练习、问题和网络问题第5章 进化和基因组变化5．1 进化是探索5．2 生物系统学5．2．1 生物学命名5．2．2 生物学相似性和差异性的测定5．3 同源性和家族5．4 模式匹配——生物信息学的基本工具5．4．1 序列比对5．4．2 **比对的定义5．4．3 快速扫描数据库的近似方法5．4．4 三维结构的匹配模式5．5 蛋白质序列、结构及功能的进化5．5．1 单个点突变的影响5．5．2 蛋白质结构和功能的进化5．6 系统发育5．6．1 系统进化树5．6．2 聚类法5．6．3 分支法5．6．4 进化率变化的问题5．6．5 贝叶斯法5．7 快速进化：遗传工程5．8 推荐阅读5．9 练习、问题及网络问题第6章 原核生物基因组6．1 原核生物进化与系统发育的关系6．1．1 原核生物的主要类型6．1．2 是否了解生命系统发生树的根源？6．2 古细菌6．2．1 甲烷球菌基因组6．2．2 **温度下的生命6．2．3 超嗜热古菌比较基因组学：热球菌和火球菌6．3 细菌6．3．1 致病菌基因组6．3．2 基因组学和疫苗的研发6．4 宏基因组学：同一个环境样品中收集的全部基因组6．5 推荐阅读6．6 练习、问题和网络问题……第7章 真核生物基因组第8章 基因组学和人类生物学第9章 芯片和转录组学第10章 蛋白质组学第11章 系统生物学索引后记