第一章绪论
第一节生命的特征和生物化学的研究范畴
第二节一些生物化学的基本概念
一、生物分子是含有不同功能基团的含碳化合物
二、细胞含有一组通用的小分子
三、分子量，分子质量和它们的正确单位
四、摩尔和摩拉
五、生物大分子是细胞的主要成分
六、生物分子的构型
七、生物分子的构象
八、生物分子之间的相互作用有立体特异性
第三节生物能学和热力学
一、生物能量转化服从热力学定律
二、细胞需要自由能资源
三、标准自由能改变和一个反应的平衡
常数直接相关
第四节水及生物分子间的弱相互作用
一、氢键使水具有特殊性质
二、水和极性溶质形成氢键
三、水和带电溶质的相互作用
四、结晶物质溶于水导致熵增加
五、非极性气体在水中的溶解度很小
六、非极性化合物迫使水结构作能量优化改变
七、范德华作用是原子间的弱吸引力
八、弱相互作用是大分子结构和功能的关键
九、溶质影响水溶液的依数性和渗透压
提要
思考题19第二章蛋白质化学
第一节通论
一、蛋白质的化学概念
二、蛋白质的分类
三、蛋白质的元素组成
第二节蛋白质的组成单位--氨基酸
一、氨基酸的一般结构特征
二、氨基酸的分类和结构
三、蛋白质中的修饰性氨基酸
四、非蛋白质氨基酸
五、氨基酸的一般性质
六、氨基酸的化学性质
第三节蛋白质的结构
一、蛋白质的一级结构
［附］：质谱在肽和蛋白质研究中的应用
二、蛋白质的二级结构
三、纤维状蛋白质的结构
四、超二级结构和结构域
五、球状蛋白质的三级结构
六、蛋白质的四级结构
第四节蛋白质的结构与功能
一、蛋白质的一级结构决定其高级结构
二、蛋白质的一级结构与功能
三、蛋白质的空间结构与功能
第五节蛋白质的性质
一、蛋白质的水合作用和透析
二、蛋白质的两性性质和等电点
三、蛋白质的变性作用与复性
四、蛋白质的沉淀作用
第六节蛋白质的分离纯化和测定
一、蛋白质分离纯化的一般原则
二、分离纯化的主要方法
三、蛋白质分子量的测定
四、蛋白质纯度的鉴别标准
五、蛋白质含量的测定
［附］：蛋白质结构的X射线晶体衍射法分析
提要
生化基本题型举例89第三章酶化学
第一节通论
一、酶是生物催化剂
二、酶催化的特征
第二节酶的分类和命名
一、酶的命名
二、酶的国际系统分类法
三、酶的组成分类
第三节酶催化作用的结构基础
一、酶分子结构的特征
二、酶原及酶原的激活
第四节酶催化作用的机理
一、酶依靠降低活化能加速化学反应
二、一般酸碱催化
三、共价催化
四、金属离子催化
五、酶执行催化功能的几个实例
第五节酶促反应的动力学
一、酶浓度的影响
二、底物浓度对反应速度的影响
三、温度对酶促反应速度的影响
四、pH的影响
五、激活剂的影响
六、抑制剂的影响
七、过渡态类似物是酶的一种潜在抑制剂
第六节重要酶类及其活性调节
一、多酶体系
二、调节酶
三、同工酶
四、催化抗体
第七节酶的分离纯化和活力测定
一、酶分离纯化的一般原则
二、酶的活力与测定
三、回收率和纯化倍数
提要
思考题142第四章核苷酸和核酸
第一节碱基、核苷和核苷酸
一、碱基、核苷和核苷酸
二、核苷酸的生物学功能
第二节磷酸二酯键与多核苷酸
第三节碱基的性质和核酸结构
第四节DNA结构
一、DNA储存遗传信息的证实
二、各物种DNA有着独特的碱基组成
三、WatsonCrick DNA双螺旋结构
四、DNA存在不同的三维结构形式
五、与DNA碱基顺序相关的特殊结构
第五节RNA的种类和结构
一、信使RNA
二、其他RNA及结构
第六节核酸的变性、复性和杂交
一、DNA的变性与复性
二、DNA的熔解温度
三、核酸的杂交及应用
第七节核酸的化学反应和酶法修饰
一、核酸的化学反应
二、DNA的酶法甲基化
第八节核酸酶和DNA限制性内切酶
一、核酸的酶法水解与核酸酶的分类
二、核酸酶的特异性
三、限制性内切酶（限制酶）
四、限制片段的长度和限制图
第九节DNA一级结构测定与DNA的化学合成
一、DNA碱基顺序的测定(DNA sequencing)
二、DNA的化学合成(DNA chemical synthesis)
第十节基因和基因组
一、天然DNA分子的大小与顺序特征
二、基因与顺反子
三、染色体DNA的碱基顺序特征
第十一节DNA超螺旋和染色质结构
一、DNA的拓扑学结构
二、DNA在体内的包装
提要
思考题191第五章碳水化合物和糖生物学
第一节概论
第二节单糖和二糖
一、单糖的两大家族：醛糖和酮糖
二、单糖有不对称中心
三、一般单糖具有环形结构
四、生物体含有许多六碳糖衍生物
五、许多单糖是还原糖
糖尿症和血糖测定
六、二糖含有一个糖苷键
提要
第三节多糖
一、一些匀聚多糖是能量的储存形式
二、淀粉
三、糖原
四、葡聚糖
五、一些匀聚多糖起结构支持作用
六、几丁质
七、立体结构因子和氢键影响匀聚多糖的折叠
八、细菌和藻类细胞壁含有结构性异质多糖
九、糖胺聚糖是细胞外基质异质多糖
提要
第四节复合糖：肽聚糖、糖蛋白和糖酯
一、肽聚糖是含有糖胺聚糖的细胞表面或胞外基质中的生物大分子
二、糖蛋白共价结合寡糖
三、糖脂和脂多糖是膜成分
提要
第五节碳水化合物信息分子和糖密码
一、凝集素是能阅读糖密码和介导许多生物学过程的蛋白
二、凝集素和碳水化合物的相互作用
提要
第六节糖组学及研究方法
一、糖组学
二、糖类的研究方法
提要
思考题225第六章维生素与辅酶
第一节维生素的概念与分类
一、维生素的一般概念和重要性
二、维生素的命名和分类
第二节重要的脂溶性维生素
一、维生素A及维生素A原
二、维生素D及维生素D原
三、维生素K
四、维生素E
第三节重要的水溶性维生素
一、维生素C
二、维生素B1和焦磷酸硫胺素
三、维生素B2和FMN、FAD
四、泛酸与辅酶A
五、烟酸、烟酰胺和NAD、NADP
六、维生素B6及其辅酶
七、生物素
八、叶酸和四氢叶酸
九、维生素B12及其辅酶
十、硫辛酸
提要
思考题244第七章生物膜
第一节生物膜的组成与结构特征
一、生物膜结构的一般特征
二、生物膜的组成
［附］：因膜脂储积所致人的遗传性代谢缺陷病
第二节生物膜的流动性
一、膜脂和膜蛋白的运动
二、膜脂跨脂双层的运动需要催化剂
三、脂筏
［附］：原子力显微镜呈现膜蛋白的形象
第三节小分子物质的跨膜转运
一、跨膜转运的类型
二、载体蛋白介导的被动转运
三、转运ATP酶
四、离子梯度驱动的二级主动转运
提要
思考题275第八章激素与生物信号转导
第一节激素的概念与分类
一、激素的一般概念
二、激素的分类
三、激素作用的特点
第二节重要的动物激素
一、下丘脑激素
二、垂体激素
三、甲状腺激素
四、胰腺激素
五、肾上腺激素
六、性激素
七、脂肪酸衍生类激素(二十烷酸类激素，eicosanoids)
第三节激素分泌的调控
一、下丘脑承上启下的调节
二、反馈调节
三、多元调控
第四节生物信号转导
一、受体
二、信号转导机制
第五节昆虫激素
第六节植物激素
提要
思考题305第九章新陈代谢引论
第一节新陈代谢的一般概念
一、代谢途径的多酶体系
二、细胞代谢中的主要化学反应
第二节新陈代谢的调控及研究方法
一、新陈代谢的调控
二、新陈代谢的研究方法
提要
思考题310第十章糖代谢
第一节糖酵解
一、糖酵解的基本概念
二、糖酵解途径
三、糖酵解总观
四、丙酮酸的命运
第二节葡萄糖的异生作用
一、葡萄糖异生作用的前体
二、葡萄糖异生作用途径
三、糖异生作用与糖酵解的协同调控
第三节柠檬酸循环
一、丙酮酸的氧化
二、柠檬酸循环途径
三、乙醛酸循环
第四节磷酸戊糖途径
一、磷酸戊糖途径的反应过程
二、磷酸戊糖途径的调节
三、磷酸戊糖途径的生理意义
第五节糖原的代谢
一、糖原的降解
二、糖原的合成
三、糖原合成与降解的协同调控
四、激素对血糖水平的调节
提要
思考题338第十一章生物氧化
第一节生物能学的基本概念
一、生物体能量的转换遵循热力学定律
二、标准自由能变化与平衡常数
三、偶联化学反应标准自由能变化的可加和性及意义
四、关于生物化学中能量变化的一些规定
五、氧化还原电势与自由能变化的关系
六、高能生物分子
第二节电子传递与氧化磷酸化
一、生物体电子传递的方式与电子载体
二、呼吸链及其组成
三、氧化磷酸化作用
四、线粒体外NADH的跨膜转运
提要
思考题358第十二章光合作用
第一节光合作用的光反应
一、叶绿体与光合膜
二、光合色素
三、光合色素对光能的吸收和传递
四、光合单位
五、双光系统与电子传递链
六、光合磷酸化
第二节光合作用中碳水化合物的生物合成
一、卡尔文循环
二、卡尔文循环的调节
三、植物细胞中CO2的浓缩机制
提要
思考题379第十三章脂代谢
第一节概述
一、脂类的一般概念
二、脂肪的消化和吸收
第二节脂肪的分解代谢
一、体内甘油三酯的分解
二、甘油的代谢
三、脂肪酸的分解代谢
四、酮体的代谢
第三节脂肪的合成代谢
一、脂肪酸的生物合成
二、甘油三酯（脂肪）的合成
第四节磷脂和鞘脂的代谢
一、磷脂的代谢
二、鞘脂的代谢
第五节胆固醇的代谢
一、胆固醇的生物合成
二、胆固醇、胆固醇酯及其他脂类进入细胞的转运
三、胆固醇的去路
提要
思考题405第十四章氨基酸的代谢
第一节蛋白质的降解
一、外源蛋白的消化与吸收
二、组织蛋白质的胞内降解
第二节氨基酸的分解代谢
一、氨基酸分解的基本反应
二、氨的排泄
三、氨基酸碳架的氧化
第三节氨基酸的生物合成
一、氨基酸的生物合成途径
二、几种氨基酸合成的简单途径
三、氨基酸生物合成途径中的反馈调节
提要
思考题423第十五章核苷酸代谢
第一节核酸和核苷酸的分解代谢
一、嘌呤碱的分解代谢
二、嘧啶碱的分解代谢
第二节核苷酸的合成代谢
一、嘌呤核苷酸的生物合成
二、嘧啶核苷酸的生物合成
三、核苷一磷酸转变为核苷三磷酸
四、脱氧核糖核苷酸的生物合成
提要
思考题437第十六章DNA的复制、修复和重组
第一节DNA的代谢
一、DNA代谢包括DNA复制、修复和重组
二、大肠杆菌遗传图
第二节DNA复制的一般规律
一、关于模板的概念
二、DNA复制是半保留的
三、DNA复制的起始点和方向
四、DNA的复制是半不连续的
第三节DNA聚合酶
一、DNA是由DNA聚合酶催化合成的
二、DNA聚合酶催化DNA合成的
精确性
三、大肠杆菌的三种DNA聚合酶
四、DNA复制需要许多酶和蛋白质因子
第四节细胞DNA复制的阶段性
一、DNA复制的起始
二、DNA复制的延长阶段
三、复制终止过程
四、真核细胞DNA的复制
第五节DNA修复
一、突变导致肿瘤发生
二、错配修复
三、碱基切割修复（baseexcision repair）
四、核苷酸切割修复
五、直接修复
六、重组修复与差错倾向修复
第六节体内DNA重组过程
一、同源遗传重组有着多重的功能
二、重组需要特殊的酶
三、同源重组是DNA修复的重要途径
第七节位点特异遗传重组
一、可转座遗传因子可从一个座位转移到另一座位
二、免疫球蛋白基因的重组
提要
思考题468第十七章RNA代谢
第一节依赖DNA的RNA合成
一、RNA是由RNA聚合酶合成的
二、模板链与非模板链
第二节足迹法与启动子
第三节RNA合成的终止
第四节真核生物细胞核RNA聚合酶
一、RNA聚合酶Ⅱ需要许多其他蛋白质因子
二、RNA聚合酶和转录因子在启动子上的组装
三、RNA合成的起始
四、RNA合成的延长、终止和释放
五、RNA聚合酶Ⅱ活性的调节
六、DNA指导的RNA聚合酶能被选择性地抑制
第五节新生RNA的剪接和修饰
一、除去内含子的剪接过程
二、真核生物mRNA进行装饰性加工
三、不同RNA剪接方式导致一个基因
多种产物
四、核糖体RNA和tRNA的转录后
加工
五、细胞RNA以不同速度降解
六、多核苷酸磷酸化酶合成随机顺序的类RNA多聚物
第六节核酶
一、Ⅰ类内含子的酶学特性
二、M1 RNA
第七节以RNA为模板的DNA和RNA合成
一、反转录酶从病毒RNA产生DNA
二、逆转录病毒引起癌症和艾滋病
三、用HIV反转录酶抑制物治疗
艾滋病
四、许多转座子，逆病毒和内含子可能
有共同的进化始祖
五、端粒酶是一种特殊的反转录酶
六、一些病毒RNA是由RNA指导的RNA
聚合酶复制的
七、SELEX方法产生具有新功能的
RNA聚合物
八、一个由未知功能RNA组成的RNA
世界
提要
思考题
第十八章蛋白质的生物合成与修饰
第一节概述
第二节遗传密码的破译
一、三联体密码与阅读框
二、人工合成多核苷酸和无细胞体系
蛋白质合成
三、三核苷酸诱导氨酰tRNA对核糖体
的特异结合
四、具有特定重复顺序多聚核糖核苷酸
模板的合成
第三节遗传密码的几个重要特性
一、遗传密码的几个重要特性
二、翻译移码和RNA编辑
（RNA editing）
三、tRNA对密码子的识别
四、遗传密码的天然改变
五、病毒DNA中不同阅读框的重叠基因
第四节蛋白质的生物合成
一、核糖体是一个复杂的超分子结构
二、转移RNA具有特征性结构
三、氨酰tRNA合成酶和它们催化的反应
四、一些氨酰tRNA合成酶具有校对
(proofreading)功能
五、氨酰tRNA合成酶对tRNA的识别
六、多肽链的合成从氨基末端开始
七、一个特定氨基酸起始蛋白质的合成
八、多肽合成起始的三个步骤
九、延长阶段中肽键的形成
十、核糖体的校正功能仅限于密码子
与反密码子的相互作用
十一、多肽合成的终止
第五节多肽链的折叠与加工
一、氨基末端和羧基末端的修饰
二、信号序列的切除
三、氨基酸残基的修饰
四、糖侧链的连接
五、异戊二烯基团的附加
六、辅基的附加
七、蛋白酶水解修饰
八、二硫键的形成
九、蛋白质合成受许多抗生素和
毒素抑制
第六节蛋白质投递和降解
一、许多真核蛋白的翻译后修饰开始
于内质网
二、糖基化在蛋白质投递过程中起
重要作用
三、线粒体和叶绿体蛋白的投递
四、通往细胞核的信号顺序
五、细菌蛋白质投递途径的信号序列
六、细胞通过受体介导的胞饮作用
（pinocytosis）输入蛋白
七、所有细胞中蛋白质的降解是由专一的系统进行的
提要
思考题536第十九章基因表达的调节
第一节基因表达调节的原理
一、RNA聚合酶结合启动子顺序
二、转录起始接受DNA结合蛋白的调节
第二节基因的调节单位--操纵子
一、许多原核基因是以操纵子为单位调节的
二、乳糖操纵子的负调节作用
第三节调节蛋白与DNA的结合
一、调节蛋白有独立的DNA结合结构域
二、螺旋转角螺旋
三、锌指
四、同质异形结构域
第四节蛋白质与蛋白质的相互作用
一、调节蛋白的蛋白质蛋白质相互作用结构域
二、亮氨酸拉链
三、碱性螺旋环螺旋
第五节原核生物基因表达的调节
一、Lac操纵子的正调节系统
二、阿拉伯糖操纵子的正调节和负调节作用
三、色氨酸操纵子的转录弱化调节
四、SOS反应的诱导
五、核糖体蛋白与rRNA合成的协调
六、遗传重组对基因表达的调节
七、mRNA的功能受小分子RNA的调节
八、RNA开关
第六节λ噬菌体的发育调节
一、噬菌体λ对大肠杆菌的感染
二、噬菌体λ的溶菌繁殖
三、反终止作用（antitermination）
四、λ溶原的建立（establishing lysogeny）
五、溶原状态的维持和cⅠ基因的自我调节
六、λ感染命运的决定：溶菌周期或溶原化
七、溶原的诱导
第七节真核基因表达的调节
一、转录活性染色质在结构上区别于灭活染色质
二、染色质的乙酰化和核小体置换
三、许多真核启动子是正调节的
四、反激活蛋白和辅激活蛋白促进普通
转录因子的组装
第八节真核基因表达的调节蛋白
一、TATA结合蛋白
二、DNA结合反激活蛋白(DNA
binding transactivator)
三、辅激活蛋白复合物
四、转录激活过程
五、可逆转录激活
六、酵母半乳糖代谢基因既有正调节也有负调节
七、结合DNA的反激活蛋白具有组件型结构
八、真核基因表达的细胞间和细胞内信号调节
九、通过磷酸化核转录因子的调节
第九节真核生物mRNA的翻译阻遏
第十节发育过程中调节蛋白的级联控制
一、母性基因
二、节化基因
三、同质异形基因
四、Epigenetics（表遗传学）
第十一节由RNA干扰介导的基因沉默
一、RNA干扰
二、真核生物RNA介导的基因表达
调节
提要
思考题584第二十章重组DNA技术与基因组学
第一节DNA克隆技术的基础
第二节重组DNA技术的基本操作原理
一、重要的工具酶
二、DNA克隆的载体
三、目的基因的获得
四、DNA的体外重组
五、将重组DNA导入细胞的技术
六、筛选克隆细胞
第三节重组DNA技术的应用
一、重组DNA技术产生新品种新选择
二、法医学的强大武器--DNA指纹法
三、工程化微生物用于地下采油、采矿及消除环境污染
四、基因治疗与遗传性疾病的基因诊断
第四节基因组文库和基因组学
一、DNA文库提供基因组特异的遗传信息目录
二、多聚酶链式反应扩增特异性DNA片段
三、基因组测序提供最完善的基因文库
第五节从基因组到蛋白质组
一、蛋白质组和蛋白质组学
二、序列和结构相关性提供蛋白质功能的信息
三、细胞基因表达图谱（cellular expression pattern）
四、双向凝胶电泳
五、DNA微阵列
六、蛋白质芯片（protein chip）
七、蛋白质相互作用的检测
八、基因组成分的比较
九、纯化蛋白质复合物
十、酵母双杂交分析（yeast twohybrid analysis）
提要
思考题
参考文献
生化英汉名词对照及索引