鸡鸭源NDV感染细胞表达谱和蛋白组学分析
作者： 高诗敏
出版时间：2014年12月
出版社：中国农业科学技术出版社
- 中国农业科学技术出版社
- 9787511606211
- 171774
- 2014年12月
- 未分类
- 未分类
- S858.305
鸡新城疫（Newcastle Disease，ND）是由新城疫病毒（Newcastle Disease Virus，NDV）引起的一种以呼吸道、消化道粘膜出血为特征的高度接触性、急性败血性禽类传染病，被世界动物卫生组织列为危害养禽业的法定报告动物传染病。NDV对宿主的感染、致病很大程度上是病毒因素和宿主因素相互作用的结果。近年来研究显示NDV感染宿主范围不断扩大，不同来源的病毒毒力呈现明显增强的趋势，但不同来源NDV对宿主感染的致病机制差异尚不清楚，值得进一步探讨。基于此，高诗敏编著的《鸡鸭源NDV感染细胞表达谱和蛋白组学分析》根据NDV不同的生物学特性，筛选出鸡源NDV-GM和鸭源NDV-YC2株做为研究毒株，建立了NDV感染鸡胚成纤维细胞模型；在此基础上，应用基于Solexa / Illumina系统的数字化表达谱（DGE）测序方法，从mRNA水平研究鸡源、鸭源NDV感染宿主细胞后基因表达谱变化；应用iTRAQ方法从蛋白质水平研究鸡源、鸭源NDV感染宿主细胞后病毒编码蛋白与宿主细胞蛋白表达的变化。
第一章 前言
1.1 研究背景
1.1.1 新城疫病毒及新城疫研究进展
1.1.2 基因表达谱研究进展
1.1.3 蛋白质组学在兽医学科中的应用
1.1.3.1 蛋白质组和蛋白质组学
1.1.3.2 比较蛋白质组学的研究内容
1.1.3.3 蛋白质组学研究的相关技术
1.1.3.4 比较蛋白质组学
1.1.3.5 生物信息学分析
1.1.3.6 比较蛋白质组学技术在动物疾病中的应用
1.1.3.7 展望
1.2 研究目的及意义
1.3 研究技术路线
1.3.1 鸡源、鸭源新城疫病毒的筛选
1.3.1.1 克隆纯化新城疫病毒
1.3.1.2 测序新城疫病毒F基因和H基因并分析
1.3.1.3 新城疫病毒致病性实验
1.3.2 数字化表达谱
1.3.2.1 病毒感染细胞总RNA的抽提
1.3.2.2 mRNA3’端标记
1.3.2.3 基于Solexa／Illumina系统的高通量测序
1.3.2.4 生物信息学分析感染细胞全基因表达谱差异
1.3.3 iTRAO比较蛋白质组学
1.3.3.1 病毒感染细胞总蛋白抽提
1.3.3.2 蛋白定量和SDS凝胶电泳分析
1.3.3.3 iTRAQ蛋白质组学鉴定
1.3.3.4 生物信息学分析和差异表达点功能分析
第二章 鸡源NDV-GM和鸭源NDV-YC感染细胞后蛋白质组学研究
2.1 引言
2.2 材料与方法
2.2.1 材料
2.2.1.1 毒株、细胞和动物
2.2.1.2 主要材料
2.2.1.3 主要仪器
2.2.1.4 主要生物学软件
2.2.2 方法
2.2.2.1 病毒的分离纯化
2.2.2.2 RT-PCR方法扩增病毒的F基因和HN基因
2.2.2.3 F基因和HN基因序列及进化树分析
2.2.2.4 病毒的生物学指标测定
2.2.2.5 NDV-GM和NDV-YC细胞致病性实验
2.2.2.6 NDV-GM和NDV-YC动物致病性实验
2.3 结果与分析
2.3.1 F基因和HN基因片段的扩增
2.3.2 F基因和HN基因序列分析和进化树分析
2.3.3 病毒的生物学指标
2.3.4 病毒的细胞致病性实验结果
2.3.5 病毒的体外动物致病性实验结果
2.4 小结
第三章 鸡源NDV-GM和鸭源NDV-YC感染DF-1细胞后的数字化表达谱分析
3.1 引言
3.2 材料与方法
3.2.1 材料
3.2.1.1 病毒、细胞和酶
3.2.1.2 试剂
3.2.1.3 仪器、设备和软件
3.2.2 方法
3.2.2.1 样品的收集
3.2.2.2 样品总RNA质量检测
3.2.2.3 测序样品制备
3.2.2.4 信息分析流程
3.3 结果与分析
3.3.1 样品检测
3.3.2 生物信息学分析
3.3.2.1 数字化表达谱DGE文库分析
3.3.2.2 差异表达基因的鉴定(DGES)
3.3.2.3 差异基因表达模式聚类分析
3.3.2.4 GO分析
3.3.2.5 Pathway分析
3.4 小结
第四章 鸡源NDV-GM和鸭源NDV-YC感染细胞后蛋白质组学研究
4.1 引言
4.2 材料与方法
4.2.1 材料
4.2.1.1 病毒、细胞和抗体
4.2.1.2 试剂
4.2.1.3 仪器设备
4.2.2 方法
4.2.2.1 CEF细胞的制备
4.2.2.2 蛋白质提取
4.2.2.3 蛋白质定量
4.2.2.4 酶解
4.2.2.5 标记
4.2.2.6 液相分离
4.2.2.7 液相串联质谱分析
4.2.2.8 Westernblot验证
4.3 结果与分析
4.3.1 蛋白质定量
4.3.2 蛋白质鉴定质量评估和基本信息
4.3.2.1 蛋白质鉴定质量评估
4.3.2.2 蛋白质鉴定基本信息
4.3.3 蛋白质CO分析
4.3.4 蛋白质COG分析
4.3.5 差异蛋白分析
4.3.5.1 差异蛋白统计
4.3.5.2 差异蛋白GO功能显著性和Pathway富集分析
4.3.5.3 差异蛋白表达模式聚类分析
4.3.5.4 差异蛋白质的Westernblot鉴定
4.4 小结
第五章 全文讨论与结论
5.1 全文讨论
5.1.1 2株不同来源新城疫病毒的生物学特征与病毒感染
5.1.2 数字化表达谱和蛋白质组在NDV发病机制中的研究
5.1.3 数字化表达谱和蛋白质组之间的关联
5.2 全文结论
5.3 论文创新点
5.3.1 研究思路的创新
5.3.2 研究內容的创新
5.3.3 研究方法的创新
致谢
参考文献
附录 用iTRAQ鉴定3个样品的691个蛋白信息表
缩写词和中英文对照表
